Innovaatiokumppanuuksilla tuetaan hankkeita, joilla pyritään saamaan aikaan järjestelmävaikutuksia Euroopan tasolla ja joilla on valmiudet ottaa hankkeen tuotokset käyttöön Euroopan laajuisesti ja/tai siirtää ne erilaisiin temaattisiin tai maantieteellisiin toimintaympäristöihin. Niissä keskitytään Euroopan kasvun ja kilpailukyvyn ja sosiaalisen yhteenkuuluvuuden kannalta strategisiin aihealueisiin. Tällaisiin kumppanuuksiin kuuluvat seuraavat toiminnot:

• Innovaatioyhteenliittymät
• Tulevaisuuteen suuntautuvat hankkeet

Näitä toimintoja hallinnoi Euroopan koulutuksen ja kulttuurin toimeenpanovirasto (EACEA).